微生物菌肥通過氧氣和二氧化碳的交換以及代謝過程中分泌的有機酸等酸性物質，可以促進顆粒結構的形成，改善土壤的通風條件，促進有機質、腐殖酸和腐殖質的產(chǎn)生；微生物在土壤中物質和能量的輸入和輸出中起著非常重要的作用。它們可以激活土壤中的有機和無機養(yǎng)分，分解有機物，釋放養(yǎng)分，增加養(yǎng)分的有效性；眾所周知，中國的農業(yè)復種指數(shù)很高，兩年三次，一年兩次，有些地區(qū)甚至一年三次。這么高的復種指數(shù)，土地早已不堪重負！許多人發(fā)現(xiàn)，即使使用更多的化肥和殺蟲劑，土地作物的產(chǎn)量也沒有顯著增加。

復合微生物肥料，生物有機肥中含有的各種功能微生物進入土壤，在生長繁殖過程中產(chǎn)生大量的次生代謝物，可促進土壤顆粒結構的形成。顆粒結構的形成使土壤松軟，提高了水、氣、熱的性能，更加協(xié)調，減少了土壤硬化，有利于保護水、肥料、通風，促進了根系的發(fā)展，為作物提供了舒適的生長環(huán)境。土壤物理和化學特性的改善加強了土壤有益微生物的活動，從而極大地促進了有機物的分解和轉化，產(chǎn)生了各種營養(yǎng)物質和刺激物質，進而刺激了微生物的生長發(fā)育，促進了作物的生長，達到了增加產(chǎn)量和收入的目的。

此外，功能性微生物在作物根系周圍形成優(yōu)勢種群，抑制或對抗有害病原體的生長繁殖，降低作物病害程度，從而增加產(chǎn)量。

復合微生物肥料是無機營養(yǎng)元素、有機物、微生物細菌有機結合，反映無機化肥、有機肥和微生物肥的綜合作用，是解決土壤硬化現(xiàn)象，修復和調節(jié)土壤，提高化肥利用率，減少河流污染，減少病蟲害，提高作物抗性，提高作物水果質量和肥料產(chǎn)量的首選。因此，微生物制劑是改善土地效果的良藥。