微生物菌肥的作用主要取決于大量有益微生物的生命活動(dòng)。只有在這些有益微生物繁殖代謝旺盛的情況下，才能不斷形成物質(zhì)轉(zhuǎn)化代謝產(chǎn)物。

與其他肥料不同，微生物以氮、磷、鉀等主要元素的形式和數(shù)量為基礎(chǔ)。由于微生物肥料是一種活化劑，其肥效與活化劑的數(shù)量、強(qiáng)度和周?chē)h(huán)境條件密切相關(guān)，包括溫度、水分、pH值、營(yíng)養(yǎng)條件和土壤排斥在土壤中的一定影響，因此在使用時(shí)應(yīng)注意。

選擇合格的微生物肥料，不能使用低質(zhì)量，有效細(xì)菌數(shù)量不能達(dá)到規(guī)定的指標(biāo)，雜菌含量高或過(guò)期產(chǎn)品，盡量減少肥料中微生物的死亡，應(yīng)避免陽(yáng)光直射，混合在陰涼處，立即播種，立即覆蓋土壤，一般細(xì)菌肥料不得與有害農(nóng)藥、化肥混合。

施用酸性土壤時(shí)，施用前應(yīng)中和土壤酸度。當(dāng)土壤過(guò)于干燥時(shí)，應(yīng)及時(shí)澆水。大雨過(guò)后，應(yīng)及時(shí)清除田間積水，提高土壤滲透性。不同的微生物菌肥料應(yīng)根據(jù)土地條件得到推廣和應(yīng)用。微生物肥料應(yīng)廣泛應(yīng)用于豆科作物、磷和鉀。

應(yīng)及時(shí)使用。如果長(zhǎng)時(shí)間不使用，其他細(xì)菌可能會(huì)侵入袋子，改變肥料中的微生物菌群，影響其使用效果，避免在高溫干旱條件下使用。

選擇陰天或陽(yáng)光明媚的夜晚，結(jié)合土壤覆蓋、糞便覆蓋、澆水等措施，避免微生物肥料因陽(yáng)光直射或缺水而難以發(fā)揮作用，避免與未分解的農(nóng)業(yè)肥料混合。與未分解的有機(jī)肥料混合會(huì)在高溫下殺死微生物，影響微生物肥料的發(fā)揮。