菌肥的核心作用是其含有的微生物。微生物作為一種生物，需要合適其生長(zhǎng)/繁殖的溫度、水分條件，還需要有機(jī)質(zhì)作為營(yíng)養(yǎng)來源。同時(shí)，作為土壤的“侵入者”，它能否存活取決于與土壤中原來的微生物（土著微生物）之間競(jìng)爭(zhēng)的成敗，數(shù)量越多越可能取勝。因此，需要有一定數(shù)量作為保證。

菌肥的施肥方法：

2.1集中施用：可以保證小范圍內(nèi)有較高的微生物數(shù)量，利于其與土壤土著菌競(jìng)爭(zhēng)，實(shí)現(xiàn)定殖。因此，穴施、條施好于撒施。

2.2深施：多數(shù)菌在陽光直射下很快死亡（紫外線具有殺菌作用，脫水加速微生物死亡）。所以，撒施地表是很錯(cuò)誤的施肥方法。

2.3定位施肥：微生物肥料應(yīng)集中在作物根系附近。以優(yōu)先改善植物的根系和根系生物、營(yíng)養(yǎng)環(huán)境。

2.4施后灌水：有助于提高微生物活性，加速繁殖。但灌溉量應(yīng)小，30m3/畝即可。

2.5土壤基礎(chǔ)條件：絕大多數(shù)農(nóng)用微生物是異養(yǎng)型的，土壤有機(jī)質(zhì)是其主要的營(yíng)養(yǎng)來源。因此，在過分瘠薄的土壤上，菌肥的效果差。強(qiáng)砂性土壤、通透性嚴(yán)重不良的土壤菌肥效果也差。

2.6施肥量：雖然微生物具有自我繁殖的特點(diǎn)，但是如果沒有足夠的數(shù)量，它可能在土壤中與其他微生物競(jìng)爭(zhēng)中失敗，則其肥效也沒有發(fā)揮。對(duì)于大多數(shù)菌肥，在菌肥合格、使用正確的施用方法的前提下，每畝的用量不應(yīng)低于15kg。